手工清洗常用清洗劑為洗潔精、去污粉、自制清洗劑等，大部分殘留物能做到有效清除。但這些清洗劑大多含有表面活性劑，對(duì)后續(xù)的漂洗造成巨大困難，需經(jīng)過多次沖洗才能清除其中表面活性劑殘留，且手工清洗時(shí)需佩戴好手套，防止長時(shí)間接觸清洗劑造成傷害。

一般殘留物，清洗溫度越高，清洗效果越好，而手工洗瓶需要皮膚直接接觸瓶皿和清洗用水，難以實(shí)現(xiàn)高溫煮洗。

清洗眾多瓶皿，手工洗瓶無法確保每個(gè)瓶皿的清洗時(shí)間相同，無法實(shí)現(xiàn)標(biāo)準(zhǔn)化批量清洗，每個(gè)瓶皿的清洗程度和清洗時(shí)間或多或少會(huì)有些差異。

手工清洗除了用水進(jìn)行沖洗外，針對(duì)較難清洗的瓶皿，會(huì)使用毛刷等工具進(jìn)行輔助清洗，多次使用毛刷清洗，會(huì)導(dǎo)致瓶皿內(nèi)壁出現(xiàn)不規(guī)則劃痕與刮花，影響后期使用。

手工洗瓶遇見難以清洗的殘留，會(huì)采用長時(shí)間的浸泡方式，通過軟化瓶皿內(nèi)的殘留物，將瓶皿清潔干凈。這種方式大大降低了洗瓶的速度。